歐陽竟無的佛學思想，先治瑜伽宗，后發揮儒學，晚年又兼習中觀學，欲融瑜伽和中觀于一境，并融攝儒家之《大學》、《中庸》。

　　歐陽竟無的學問修行，都基于悲憤，因悲憤而歸心佛學，研究佛學。因十七歲的女兒之死和兩位朋友之死，他哀號不已，悲而鉆研瑜伽，又因姐姐去世，而發憤研究《大智度論》、《涅槃經》。九一八事變以后，國難當頭，歐陽竟無又發揮儒學精義，以振作民眾士氣。可見他的佛法是與家難國難相聯系的。

　　歐陽竟無的著作，他自己曾在晚年編訂為《竟無內外學》二十六種，后人又編成《歐陽大師遺集》四冊，多為經敘，有《大般若經敘》、《瑜伽師地論敘》、《大涅槃經敘》、《俱舍論敘》以及《藏要》所收經論的部分敘，還有《內院訓釋》、《心經讀》、《唯識抉擇談》、《唯識研究次第》、《內學雜著》和《中庸傳》、《孔學雜著》等。

　　歐陽竟無的唯識學，最突出的一點是分唯識與法相為二門，屬唯識門的經論，有無著的《攝大乘論》，世親的《唯識二十論》，天親的《大乘百法明門論》，護法的《成唯識論》。屬法相門的有安慧的《大乘阿毗達磨雜集論》，世親的《大乘五蘊論》，無著的《大乘莊嚴經論》和彌勒的《瑜伽師地論》。

　　法相和唯識，法相廣于唯識，唯識精于法相。法相門立五法義和三自性義，五法是相、名、分別、正智、如如。“相”是森羅萬象的有為法的相狀；“名”是相的理論概括；“分別”是執虛妄的“相”、“名”為實有的分別之心；“正智”是佛智；“如如”是依正智而證得的真如。三自性是遍計所執自性、依他起自性和圓成實自性。唯識門立八識和二無我義。八識即眼、耳、鼻、舌、身、意、末那、阿賴耶識；二無我也叫二空，我空和法空。歐陽竟無又說：法相門講非有非空，而唯識門之“唯”，破心外有境，指法空，“識”則破心空，破斥對空的執著而講破空執之有。法相講諸法平等，唯識講萬法統一。

　　在印度諸師中，歐陽竟無認為無著是弘唯識門的，勝軍也弘唯識，彌勒則先創法相門，后創唯識，戒賢是弘法相門的。玄奘在印度，是從戒賢學法相，從勝軍學唯識。

　　在法相門和唯識門中，歐陽竟無似更推崇唯識門，他認為“唯異生、圣人，以唯識判；唯外道、內法，以唯識衡；唯小乘、大乘，以唯識別”。(《藏要·論敘》之《攝大乘論》，《歐陽竟無內外學》甲函)凡圣之別，內外之異，大小之分，都要以唯識為準則。

　　對于唯識門中的阿賴耶識，歐陽竟無給以它許多說明分析，指出它含有持種心、異熟心、超生體、能執受、持壽暖、生死心、二法緣、依識食、識不離、染凈心這十理，指出此識深細面不可知，指出不為聲聞乘人立此識，等等。

　　法相一門，歐陽竟無認為最終要歸于唯識一門，因此這兩門，又可總稱為唯識學。

　　歐陽竟無的晚年定論，立無余涅槃三德相應、瑜伽和中觀融于一境、以佛學融攝儒學的三大思想。

　　法相宗立四種涅槃，即性凈涅槃(歐陽竟無稱自性涅槃)、有余依涅槃、無余依涅槃和無住涅槃，歐陽竟無以四涅槃配三德，即《涅槃經》所講解脫德、法身德和般苦德。性凈涅槃有法身德，有余依和無余依涅槃有解脫德，無住涅槃有般苦德。解脫德是體，法身德是相，般苦德是用。三德不即不離，不一不異，一而三，三而一，融通無礙。又，佛教的唯一宗趣，歐陽竟無認為是無余涅槃，四涅槃都歸向無余涅槃，所以呂澂將此稱為“無余涅槃三德相應”。

　　龍樹提倡的空宗以真俗二諦為宗，無著所立相宗則以三性為宗，歐陽竟無試圖將兩者統一起來。他認為真諦統攝遍計所執性和圓成實性，俗諦等同于依他起性，所以說，三性、二諦，名異義一。他以《辨中邊論》(世親著，歐陽漸指為無著所著)來解釋龍樹的《中論》，具體而言，以《辨中邊論》的“虛妄分別有”釋“眾因緣生龍活虎法”，以“于此二都無，此中唯有空”釋“我說即是空”，以“于彼亦有此”釋“亦為是假名”，以故說一切法，非空非不空，有無及有故，“是則契中道”釋“亦為中道義”，由此得出“兩圣(指龍樹和無著)一宗”的結論。他進一步認為，龍樹也講有，無著也講無，以深入說明兩者之同。

　　歐陽竟無又主張融儒入佛，這也是傳統佛學的思路。他的基本觀點是，西海圣人釋迦和東海圣人孔子都同一心，同一理。佛經和儒家的四書五經，可以相通。佛教的宗趣是無余涅槃，儒家也是如此。對于《大乘起信論》中的真如緣起論，他是持否定態度的。他在《楊仁山居士傳》中講到，《楞伽經》在中國先出宋譯本，后出北魏譯本，兩個本子差異很大，于是有《大乘起信論》出現，加以統一。按照此說，似乎有《起信論》是偽作之意，但他又在《唯識抉擇談》里明確說明此經是馬鳴所作。他以阿賴耶識緣起論批判《起信論》的真如緣起論。《起信論》立真如、生滅兩門沒有不對之處，問題在于以不生不滅與生滅而合成阿賴耶識，有違般若學所講與生滅合者為菩提，不與生滅合者為涅槃的觀點；在于以真如和無明互相憩習，有違阿彌耶識受憩含種子的觀點。

　　華嚴和天臺都依《起信論》立義，所以歐陽境無又對這兩宗加以批評，他認為兩宗判教，天臺四教(藏、通、別、圓)和華嚴五教(小、始、終、頓、圓)都有錯談。天臺的過錯在于輕視《涅槃經》，華嚴之過在于區別本無差異的圓教和頓教。天臺的三止三觀，在已譯經論中也找不到任何根據，沒有經典作依據。

　　對于佛法本身的概念界定，歐陽竟無提出了著名的“佛法非宗教非哲學”的觀點，指出佛法就是佛法本身，佛法非宗教：宗教有教主，而佛法無，佛法講心佛眾生三無差別；宗教有不可侵犯之圣經，而佛法講經也有了義不了義，主張依義不依語，依了義而不依不了義經；宗教講戒條尊嚴，佛法以戒為達究竟的方便；宗教有其信仰，只講感情之服從，不講理性之批評，而佛法講依自力證得圣智。佛法非哲學：哲學講究追求真理，反而成為一種執著，佛法只是破執，因此不說真理，只說真如；哲學探討的，都屬于知識論問題，都不出計度分別，如佛教所批評的識，而佛教依智不依識；哲學之宇宙論，以前有唯物、唯心和二元之說，現在有各種科學，就現代科學而言，只執宇宙現象之有，而不知本體，而佛法不這樣，不講宇宙，只講唯識。宗教有悲無智，哲學(和科學)有智無悲，而佛法有智有悲。宗教只有結論，哲學只有研究，佛法則在結論基礎上研究。

　　歐陽竟無在現代佛教史上的貢獻，主要在其刻經、辦學和佛學研究諸方面。就佛法研究而言，他的貢獻在唯識方面。他研究唯識學，目的之一是改變中國人傳統思維中的空疏之風，他批評國人“對于各種學問，皆欠精密之觀察，談及佛法，更多疏漏，在教理上，既未曾用過苦功，即憑一己之私見，妄事創作”(《唯抉擇談》，《歐陽竟無內外學》甲函)。他以唯識的縝密思維來改造國人的思維方式，這是有積極意義的。

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